제조물류에서는 창고별 재고 관리가 가능하다. 여러 개의 창고를 동시에 관리하는 업종에서는 최대 99개 창고까지 등록하여 창고별로 재고를 관리할 수 있다.

단, [물류보고]-[창고별 재고보고서]에서 각 창고별 재고량을 확인은 인쇄여백문제로 5개 창고만 확인할 수 있다.

창고별 재고관리를 위해서는 [제조물류]-[창고관리]에서 관리할 창고를 등록하여 이용할 수 있다.

예를 들어 오늘 제1창고로 입고가 들어왔다면 거래내역 추가시 창고번호를 (제1창고)로 지정해 준다 그러면 지정한 제1창고로 재고량이 입고처리된다. 출고시에도 같은 방법으로 창고를 지정하면 창고별로 재고관리가 가능하다.

입출고 거래를 통한 재고수불이 아닌 단순히 재고를 다른 창고로 이동한 경우에는 입출고거래를 입력하지 않고 [제조물류]-[창고이동관리]에서 창고이동 내역을 기록해 주면 된다.

예를 들어 제1창고에 있던 재고를 제2창고로 옮긴다면 [창고이동관리]에서 [창고이동 내역추가]창을 열어 이동일자와 품목(품목번호)을 선택하고 이동수량을 입력한다. [기준창고]는 '1창고'로 하고 [이동창고]는 이동시킬 창고번호인 '2창고'로 선택 후 [확인]을 눌러 저장하면 해당 품목의 이동수량만큼 1창고에서 2창고로 재고가 이동되게 된다.

창고별 재고를 알아보기 위해서는 [물류보고]-[창고별 재고보고서]를 이용하여 창고별로 품목의 재고 보고서를 볼 수 있다.